Mit dem traditionsreichen Lübecker Bach-Chor und den Kinder- und Jugendchören hat die Musik an St. Aegidien ein ganz eigenes Profil. Die besondere Akustik und die speziellen Aufführungsorte mit dem Chorpodest und dem Singechor aus dem 16. Jahrhundert bieten die Voraussetzung für Musik in Gottesdiensten und Konzerten, von A-Capella-Stücken bis zu den großen oratorischen Werken der Kirchenmusik.
Rund 100 Kinder und Jugendliche singen in den Kinderchören an St. Aegidien. Von der kleinen Kurrende im Vorschulalter über mittlere und große Kurrende bis zum Jugendchor reicht dabei die Altersspanne. Altersgerechte Stimmbildung, Spiele und Aufführungen lässt Kinder wachsen und prägt sie musikalisch.